En correspondencia con el objetivo general del doctorado, con la formación integral que plantea la UAGro en su Modelo Educativo y el consenso que predomina en la comunidad de Matemáticos Educativos, el Programa de Doctorado en Ciencias con Especialidad en Matemática Educativa se estructura de tres fases y cuatro ejes integradores. Las fases Predoctoral, de Ejecución del Proyecto de Investigación y de Evaluación y Defensa de la Tesis Doctoral. Los Ejes integradores: Heurístico, Teórico-Epistemológico, De Investigación y vinculación y el Socio-axiológico.