En correspondencia con el objetivo general del doctorado, con la formación integral que plantea la UAGro en su Modelo Educativo y el consenso que predomina en la comunidad de Matemáticos Educativos, el Programa de Doctorado en Ciencias con Especialidad en Matemática Educativa se estructura en tres fases: 1) Predoctoral; 2) Ejecución del Proyecto de Investigación; y, 3) Evaluación y Defensa de la Tesis Doctoral. Fases que son entrelazadas respentado los cuatro ejes integradores del Modelo Educativo, a saber: a) Heurístico; b) Teórico- Epistemológico; c) Metodológico; y, d) Socio-axiológico.